Eudora 4 ist kompatibel zu Outlook, Outlook Express und zum Netscape Messenger. Dabei wird der Import von Email und Adressbüchern von Messenger bis Version 4.5 unterstützt. Outlook wird bis zur Version 98 (die Version 97 wird nicht unterstützt) und Outlook Express wird voll unterstützt.

Eudora 5 unterstützt zusätzlich alle Messenger Versionen bis 6.0 und Outlook 2000. Adressbücher werden im Format LDIF erkannt. Outlook und Messenger unterstützen wiederum diese Formate als Exportformat.

Im Advanced-Modus kann man auch selber die Quelldateien für den Import angeben und so auch nicht aktivierte Konten (z.B. Backups) in Eudora laden.

Eudora erkennt von allen bereits genannten kompatiblen Email-Clients die Konten automatisch und man muss nur noch die jeweiligen Konten auswählen, um sie zu importieren.

Bei jedem Import kann man jeweils auswählen, ob man nur die Emails, oder auch die Adressbücher oder beides importieren will.

Nach einer Exportfunktion sucht man in Eudora vergeblich. Es ist nicht vorgesehen, Daten in andere Formate zu exportieren.

Die Abwärtskompatibilität bei Eudora ist gegeben. Man kann nach einem Update die alten Daten sofort weiterverwenden, sofern sie im Installationsverzeichnis sind. Wenn sie woanders liegen, muss man sie ins das Installationsverzeichnis kopieren, damit sie Eudora erkennt und importiert. Aufwärtskompatibilität ist innerhalb desselben Dateiformats möglich.