Für das Internet selbst ist hier hauptsächlich das TCP/IP Protokoll zu nennen, wo hingegen sich für Emails 3 Protokolle etabliert haben:

• Simple Mail Transport Protocol (SMTP)

  Das SMTP regelt das Versenden von Nachrichten über das Internet.

• Post Office Protocol (POP)

  Das POP wurde für "offline" Mailverwaltung auf dem PC entwickelt. Mit diesem Protokoll wird der Mailserver abgefragt, die Mails dann auf den PC heruntergeladen und gegebenfalls vom Server gelöscht. Die weitere Bearbeitung und Verwaltung der Mail geschieht dann auf dem PC. Die Vorteile liegen insbesondere in einer minimalen Nutzung von Server-Ressourcen. Der Nachteil dabei liegt auf der Hand: Wenn die abgeholte Mail vom Server gelöscht wird, ist sie nicht mehr zugreifbar für den Nutzer, wenn er mal an einem anderen PC arbeitet, z.B. von zu Hause. Auch lokale Folder sind nur auf dem jeweiligen PC nutzbar.

• Internet Message Access Protocol (IMAP)

  Das IMAP dagegen kann ebenfalls für eine "offline" Mailverwaltung genutzt werden, seine Stärken liegen jedoch in der "online" Mailbearbeitung, bei der die Mail nicht vom zentralen Server heruntergeladen wird, sondern direkt auf der Mailbox auf dem Server bearbeitet wird. Der Client lädt dabei nur die Header-Informationen auf den PC herunter. Mit IMAP kann mit der Mailbox auf dem Server gearbeitet werden, als wäre sie lokal. Auch die Folder zum Sortieren und Aufbewahren der Mail können zentral gehalten werden. Sie liegen dann in einem Verzeichnis des Unix-Heimatbereiches und sind wie die Eingangsmailbox von überall im Netz mit IMAP zugreifbar. Lokale und zentrale Folder können parallel genutzt werden. Ein nicht zu vernachlässigender Vorteil von IMAP bei Nutzung von langsamen Modemverbindungen liegt darin, dass insbesondere Mails von größerem Umfang nicht heruntergeladen werden brauchen.

Mit IMAPS (IMAP over SSL) hat man die Möglichkeit eine sichere verschlüsselte Verbindung zum Mailserver aufzubauen, bei der das Mailpasswort nicht im Klartext übers Netz geht. So hat man auch von außerhalb Zugriff auf die Mailbox. Einfaches IMAP ist von außerhalb aus Sicherheitsgründen nicht möglich. IMAPS wird z.B. vom Netscape Messenger unterstützt, von Pegasus jedoch nicht. Theoretisch gibt es das Pendant auch für POP, nämlich POPS. Dies wird jedoch von so wenigen Clients unterstützt, dass es im HMI nicht angeboten wird.